十八日，广泽忠信协同细谷资道、小笠原贞种二人以四千五百军势将深谷城包围。上杉宪贤还是在围城前夕派遣心腹前往那波城外告之上杉宪盛。不过，上杉宪盛还没有其父那些手段和能力。就在撤围的时候还被桃井义孝率领城兵四百突袭后狼狈而逃，撤入武藏境内清点人数后，原先一千五百军势离开深谷城，此刻仅剩下九百军势。
朝定的本队两千四百军势到达深谷城外围时也料到了上杉宪盛的军势会回防深谷，他让斋藤利三率领河越骑士团五百骑兵护卫小笠原明村、向山半治的五百名铁炮足轻在本庄城外设伏。等到上杉宪盛率领的九百败军缓慢行进至本庄时并没有派遣探子侦查，完全没有意识到即将到来的危险。
斋藤利三等人一看深谷上杉军如此的士气低落更加拥有了信心，小笠原明村和向山半治二人随即下令铁炮足轻分成两队以两段击攻击深谷上杉军。
随着一声声的枪响，深谷上杉家的足轻、武士们纷纷抱头鼠窜，骑马武士们也都被打落马下。他们这些人完全没有卧倒的意识。在冬季，要是被打伤后没有及时包扎完全就等于等死。而深谷上杉军的武士和足轻们完全就是平原上的活靶子。两轮铁炮集火齐发后，已经减员一半的深谷上杉军更是没有余力来对付斋藤利三率领的河越骑士团骑兵的冲击。
斋藤利三带领下的骑兵们完全就是无压力的收割着深谷上杉军人员的生命，上杉宪盛在骑马逃跑时被斋藤利三赶上并讨取。而深谷上杉家重臣冈谷清英、秋元景朝二人更是一开始就被铁炮足轻击毙。仅仅半个时辰，深谷上杉军九百军势就被消灭殆尽。上杉军击杀了五百五十人，俘虏两百人。还有一百五十人由于被铁炮击伤后被冻伤，无法随上杉军行军，斋藤利三只能让被俘的两百深谷上杉军足轻搀扶和抬着他们。
上杉宪贤本来还在城内固守，等待着上杉宪盛的军势回防，谁知在十八日下午上杉军就在城外挑着上杉宪盛、冈谷清英、秋元景朝等武士的首级还有被俘的三百五十人在城外喊话。这令上杉宪贤、上杉氏盛（上杉宪贤次子）、别府长清等人非常震惊，他们根本不知道上杉宪盛在那波城下已经战败一次，认为上杉军的数量和实力已经不是深谷上杉家能够匹敌的了。虽然上杉宪贤等人还想继续和上杉军抗衡，但是城内的守军却已经丧失了抵抗下去的意志。虽然城内守军尚有一千，可是愿意继续再战的已经所剩无几了。
朝定知道攻心之策已经有一定的成效，但是他不想浪费时间。十八日夜里，加藤段藏率领二十名忍者潜入南之丸，并且斩杀了守卫城门的十几名足轻后打开城门，放斋藤利三和河越骑士团骑兵冲进城内。第二队就是细谷资道的一千五百军势进入了城内。
城内喊杀声到处响起，还在睡梦里的深谷上杉家守军基本上都当了俘虏，而反抗的武士们却被个个斩杀。深谷城南之丸、东之丸、三之丸被迅速攻占后，二之丸也在混战中。
得知南之丸、东之丸和三之丸失去联系的上杉宪贤等人已经料到深谷上杉家等不到古河幕府军了。别府长清率领自家武士七人和上杉军拼死一战，而上杉宪贤、上杉氏盛在本丸切腹。上杉宪贤的家眷也在随后被家臣奉命杀死后，深谷上杉一族就断绝家名了。
随着二之丸的制压后，别府长清也在乱军中被杀。深谷城随即宣告失守，古河幕府任命的伪武藏守护、国持众深谷上杉家也被讨伐军歼灭。武藏北部彻底平定，完全和上野上杉领的那波城、小泉城、馆林城、平井城等城池接壤。
深谷上杉家败亡的消息传到仓贺野城后，即将准备再一次攻打平井城的仓贺野秀景等人就只能在城内待命了，他们要是出阵后定然会遭到已经腾出手的桃井义孝的攻击。
此时，就连村上家的援军也进入了上野。清野清秀迅速率领一千村上军到达国峰城外，等待着朝定下达命令。
朝定也不准备让上野的上杉家臣做消极的防御，他将和泉守兼定交给斋藤道三，让他代理自己去上野率领上杉军、村上军、长野军。斋藤道三本来只是给朝定当参谋的，这次交给他带兵的任务倒是非常难得。在他临走前朝定告诉他，自己不会在这几个月里给他拨一兵一卒，就要看他的手段和实力去平定上野一国。
在上野南部还在待命的军势只有平井城七千（清野清秀部、鱣川清长部、大石纲元部、小幡景纯部）、那波城五百。
虽然朝定让斋藤道三统辖的军势也不少，但是对于上野大部分都在古河幕府势力下，他可是要一座城池一座城池的打。
就算古河幕府的支持者再多也有对其不满的。上野沼田家内就有希望成为上杉家的内应者——沼田佑光。
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