次观本尊心中有一小白莲花，其上有月轮，轮上有日轮，中间有一如大拇指的第一节大小的白色双身金刚萨埵。
金刚萨埵心中有一如米粒大的金质五股杵，杵脐有一非常小的金色日轮，日轮上有蓝黑色“吽”字，外有咒轮向左排列围绕（反时针方向），发出金黄色光芒。
持咒时，咒轮顺时针方向旋动，放光遍布全身，再遍照三千大千世界诸佛国土，供养诸佛，同时诸佛亦放光加持遍满法界，消除一切众生的恶业，一切众生接受加持后，皆转成普巴金刚，一切声音皆成普巴本尊咒语，一切宇宙皆成本尊净土。
当念完一串念珠后，观想所有本尊融入自身，次融入金刚萨埵，再融入咒轮，最后融入“吽”字，“吽”字从下往上，收入圆点，圆点像彩虹消失虚空中，即于此无念无相住空性而入定，愈久愈好，此即是大圆满境界。
剎那间如鱼跃深渊，化现普巴身相，大悲遍满。
如水中月、镜中影、水上沤、空谷向、八幻喻或十二幻喻净化身。
此即大圆满中的大圆满，普字就是空性的意思，巴字就是智能的意思，普巴就是空性与智能结合，成不二的体性。
普巴金刚的坛城是诸佛的总相，三宝的总集。
普巴法的修持，在于断除一切自我之贪执，消除内心之恐惧，如此，才能了解法界性，亦即不在于降伏外在之物，而是在于对自己内心本性的了悟。
密宗，归根究底，是对于咒语的修习，讲究身口意三密相应，就是修行的时候，嘴里面要念诵咒语，手上要结手印，有的法门对于身体的姿势还有一定要求，然后最后是脑中要观想，有的观想愤怒本尊，有的观想种子字，也有的观想金刚杵之类的法器。
前面所提到的便是身口意三密相应的修习法门，但对于初学之人，也可以修习简轨，也就是只有口中念诵咒语，没有手印和观想。
元一前世曾经受萨迦巴上师指点，学习过几个普巴金刚的仪轨。
最简单的一个仪轨，便是先皈依发心：诸佛正法贤圣僧，直至菩提永皈依，以我所修诸善根，为利众生愿成佛。
然后念诵普巴金刚祈请颂：无量炽燃末劫火，镇踏雄魔座垫上，勇士金刚孺童佛，伏魔十尊饮血眷，祈请普巴海会众。
接下是咒语：嗡班扎格里格拉雅萨瓦目念旺吽呸。
最后则是回向文：文殊师利勇猛智，普贤慧行亦复然，我今回向诸善根，随彼一切常修学。三世诸佛所称叹，如是最胜诸大愿，我今回向诸善根，为得普贤殊胜行。愿我临欲命终时，尽除一切诸障碍，面见彼佛阿弥陀，即得往生安乐刹。
然后就是普巴意集心明点——事业密修仪轨，所谓的事业仪轨，就是成就种种事业的仪轨，例如求财求姻缘求长寿。
首先要皈依发心：那摩。殊胜三宝普巴本尊众，皈依并且发起菩提心。无明魔障解脱法身中，本基无有迁转舞殿界，见地本面自脸亲见礼，事业普巴海会请降临，现有一切普贤供养云。
然后是正行：啊。自心离戏超意元始性，识觉无灭吽字光聚散，显现自性金刚大童子，蓝黑九首十八手臂者，金刚翅膀翱翔遍虚空，下身天铁普巴三尖锐，刺破魔类敌障妖鬼心，空性自显大轮封印绕，四觉十愤塔超眷属众，显而无自性如水中月，明空双运清楚作观想。吽舍。如来佛子金刚普巴尊，事业度众界中请降临，自升自解坚固恒安住，一味法身亲见而顶礼，现有广大等净献供养，事业广圆本尊前顶礼，心间天铁普巴房中央，吽字周围环绕心咒语。
随后是普巴咒语：嗡班杂格里格拉雅萨瓦幕格南邦吽呸。
然后要八供咒：啊刚---。
最后回向文：金刚孺童圣众顶礼赞，普巴意集修习赐加持，清净众生罪业资粮圆，事业无别二利获究竟。
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