事隔半年，日本东京大学教授常谷部和助教高景东二突然在英文版的北平新闻上声称，保存在协和医院的北京人头盖骨被窃。日本人似乎传达出这样的信息：日军并没有在秦皇岛发现头骨化石。很快，一场追寻北京人头盖骨的行动紧锣密鼓地开始了。值得注意的是日本人对追寻工作格外卖力，几乎所有参与发掘工作的人员都受到审查。
古人类学家裴文中在狱中被关了48天，他的孩子回忆了那段经历：那是1944年5月初的一个早晨……一些日本人穿着军装，带着枪冲到我爸爸妈妈住的北屋，过了十多分钟，日本人推着我父亲出去了。在日本宪兵队，追问我父亲“北京人”的下落，我父母都说：“不知道”。一说不知道，日本人就动手打，最厉害的时候还灌辣椒水，一直把我父亲灌晕过去。最可恶的是，据我父亲讲，就是临出来那一天，又来审问，说裴文中要枪毙你了，你还有什么话可说的，这儿给你留下了纸和笔，你写遗书吧。我父亲开始写起来，结果日本人哈哈大笑说，裴文中今天放你回家了。
古人类学家周国兴回忆说：当时曾经传出一个消息，这些东西已在天津找到了……之后，就莫名其妙地把很多被拘留的人都放了……如果说日本宪兵队没得手的话，怎么那么轻易地放人？
1945年8月，日本宣布无条件投降。不久日本发布的公告声称，已将劫掠到东京的一批古人类化石连同劫掠的发掘工具一起，移交给了盟军当局，以便归还中国。然而中国go-ve
n-ment从盟军总部接收到的日本归还物品清单中，却没有北京人化石。盟军总部也应中国go-ve
n-ment之邀，动用驻日盟军参与广泛搜寻，结果一无所获。
d再次发掘周口店
1949年9月，周口店的发掘者们在找寻不到化石的情况下，又把目光投向了周口店，希望会有新的发现弥补丢失的遗憾。而此时的周口店龙骨山已是长草没膝，荆棘丛生，到处是日军暴行留下的累累伤痕，当年的办公房屋荡然无存，满山的树木也被砍伐殆尽。
发掘周口店的计划很快批了下来。9月27日，中断了12年的发掘工作重新开始。古人类学家贾兰坡和技工们先把1937年回填的土重新挖掘出来，在挖土过程中，他们获得了三颗牙齿，这是当时惟一在中国人手中的北京人化石真实标本。
此后，又陆续进行了几次发掘，获得了两颗北京人牙齿和其他动物化石。值得提到的是，1966年由古人类学家裴文中主持的发掘中，发现了一块额骨和一块枕骨，它们显然是属于同一个头骨。新发现的头骨碎片与1931年、1936年的第五号头骨的两块颞骨，拼合成一块比较完整的头盖骨。显然，它们属于同一个个体，这是目前仅存的北京猿人头盖骨的标本。
“这就是整个北京人头盖骨现在很公认的一个事实，或者说接近事实的一个情节。”看了看李广义夫妇和邵翾，文扬继续说：“邵先生，既然您已经这么说了，那证明，后面的故事，肯定和我们了解的不一样了？而且，必然是惊世骇俗的。”
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