改革后的红莲堂由诸葛亮出任总掌——这一称呼借鉴自东大乘教——负责掌握教内武装力量，并直接对康宁负责。
与此同时，和红莲堂同等级别的几个分支机构也在组建的过程之中，之所以说是分支机构，是因为康宁已经计划好设置一个具有常规决策管理职能的机构。
在咨询大图书馆副馆长阿克顿勋爵之后，康宁决定从罗马帝国进口一份土特产：元老院。
元老院在罗马帝国和共和国时期，长期作为一个审议团体，甚至在某段时间内，实际履行了立法职能。然而，康宁设置元老院的目的，却不是将在二十一世纪的见识，束缚在十八九世纪的牢笼之中。
所以他大大的削弱了元老院的权利。
第一，强调元老院没有立法权，该项权利由专门的，隶属于元老院的法学口掌握。元老院只有审议权，否决权。同时，元老院院长，实际上的教主康宁，拥有最终否决权，免审议立法权。
第二，元老院的本质，是一个形式上巨大，实际上有效成分很小的权力机构，然而它却是教内最高权力机构。他的职能，相当于北宋时期的中书门下。但是它的提案权，包括但不限于立法权，掌握在各个专业委员会手中。
第三，元老院的构成，罕见的，甚至可以说是史无前例的采取四院制。
上议院，俗称总掌联席会议。规模不大，由各个分支机构，包括职能机构、地方分支、教有资产的实际掌控人。对其他三个议院的提案拥有复核权、质询权、否决权。
左议院，俗称参谋长联席会议，负责教众和文罴商行极其殖民地的安全策划，拥有调兵权、提案权。
右议院，俗称三级四民会议。这里的三级会议和法兰西人的三级会议并不相同，它实际上由三个串联起来的机构组成，包括内法堂、专业审查委员会和四民会议。
内法堂，名字借鉴自秘密教门，实际职能却接近御史台，拥有质询权、弹劾权。弹劾对象包括但不限于院长在内的所有教内公职人员。
专业审查委员会，是针对各个专业委员会的提案进行专业审查的委员会，设计的时候准备让他行使六科给事中的权力，但因为人选过于专业，且与相关专业人员有着无法剪断的密切联系，以至于在成立之后很长一段时间，沦为专业委员会在右议院的发声筒，四民会议和内法堂的科普人。
四民会议，在康宁离开山东之时就决定成立的议会机构，包括但不限于士农工商四种基本百姓。行使监督权、质询权、提案权等权利。
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