神机营的地牢很大，一共分上中下三层。因为在神机营地牢中关押的大多数都是形形色色的武林人士，为了保障这些武功高强之士不至于越狱和在牢里自相残杀，地牢的设计者着实花了不少心思。
神机营总部的地下室有三道厚重的铁门，每一道铁门为一道关卡，日夜有武功高强的士兵把守。依次通过三道铁闸便到达上层地牢。粗重的钢筋将上层地牢的空间分隔为四条过道二十四个大牢，每个牢里可关犯人十人左右，每个关押的犯人手上和脚上都会挂上二十多斤的手铐和脚镣。上层关的大都是武林中的二三流角色，或者是与黑社会有关的地方豪强，二十多斤的铁链足以消磨绝大部分犯人的精力，使他们无力相互打斗。
上层地牢对角线相交之处，是一个通往中层地牢的地下通道。从上层到中层仍然是重兵把守的三道铁门。与之前三道铁门不同，每一道铁门之间都有无数致命的机关陷阱，每一层机关和陷阱都可以从前一道铁门处触发。如果有人要越狱，就必须破解三重铁门的机关才行。
三重铁门之后进入中层。从中层地牢开始，牢房便变成了单人间。能够住在这种单人牢房里的，不是江湖上赫赫有名，也一定是被神机营档案馆标记为“危险”级的人物。从中层开始，每一间牢房开始有专员重点监视。牢房上面装有致命机关，一旦发现犯人有异动，狱兵可以不经报告直接拉闸处死犯人。
而在中层地牢两根对角线相交之处，则是通往下层地牢的通道。中层通往下层也分三重铁门，每道铁门间都布满了暗器机关，一如之前。下层的牢房也是单人间，但却与中层不同的是，下层的牢房全是精钢打造的，只露出碗口大透气孔的铁匣子。整个牢房融为一体，进出口都是统一从外部控制的闸门，完全杜绝在地牢中搞小动作的可能性。
除此之外，还有一个毒气机关设在中层指挥台。一旦下层暴动不可控制，中层指挥台有权拉下毒气阀，到时毒气将充满整个下层地牢，将所有下层犯人全部杀死。
别怪神机营对下层犯人的心狠手辣，因为能关在下层的，都是被神机营标记为“极度危险，若出逃则天下不得安宁”的教主级人物。能被关在下层地牢，从某种意义上便证明了这个人在武林中的价值。事实上，神机营从开办到现在，被关在过下层地牢的人也屈指可数。前鹰军主力耶律撒库德算一个，前前丐帮帮主刘六算是一个，前明教教主白芙蓉算是一个，不久前被慕容曦辰活捉归案的鹰军副统领萧阿蛮算一个。
叶念思很有幸地成为下层的一个住户。最让叶念思意外的是，当叶念思被推进自己房间的时候，乘着火把的光芒，他看到侧对面的那个铁匣子有一个披头散发的野人正死死地盯着他看。叶念思定睛一看，发现那人竟是他久无音讯的师哥无崖子！
无崖子怎么会沦落在这种地方？叶念思满怀着疑问，被粗暴地扔进了属于自己的铁匣子里。接下来的晚上，他和无崖子用“传音入密”的绝学，隔着数间牢房进行了详细的交流，再结合之前自己的认识，这才大概了解整个掌门继承人事件的来龙去脉。
事情，得从三年前说起。
三年前，逍遥子给叶念思下达任务，让他打进神机营。叶念思离京不久，逍遥子接着分别给无崖子、奥拉和李秋水下达命令，让他们去抢一只紫蜘蛛回来。这次逍遥子交待得非常清楚：谁第一个取得紫蜘蛛，谁便是下一任的逍遥派掌门。
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