虽然巴拿马地区是整个美洲大陆最窄的地方，但由于大西洋方面zaft始终无法涉足，所以此次作战，zaft军部队只能从太平洋方向由半岛的东、南、西方向发起进攻。为了扰乱联合军的反冲击部署，并且为秘密武器——“奥丁神枪”找到良好的发射位置，zaft军计划以6支部队，分成15路，从三个方向对联合军发起总攻。zaft这次作战完全是一锤子买卖，如果进展出现问题，它将没有任何预备队应付可能出现的任何危局。
c.e.71年5月25日凌晨，zaft军以潜水母舰实施密集的火力准备为信号，宣告巴拿马战役的开始。
由于是突然袭击，联合军可谓猝不及防，陷于被动挨打的狼狈境地，直到第一轮火力打击结束，dinn部队开始飞临战场上空，防空火力才开始还击，但这仅仅是各部队的自发性反击，不具有任何战术意义，因此很快被zaft军压制。与此同时，水路两用ms开始实施冲滩。
战役的过程正如预料的一样，由于联合军兵力分散，被zaft迅速的分割，航空ms有效的压制联合军的水面舰艇部队和空军，虽然联合军的要塞守备部队进行了顽强的抵抗，但最终zaft军水路两用ms不费吹灰之力就占领了滩头。随即，携带重型武器的ginn开始对联合军的守备要塞实施爆破性攻坚。由于准备严密，联合军的各处防线被打开了足够多的缺口，很快，zaft军的ms部队，便顺着突破口占据了纵深阵地，从而形成了稳定的战略登陆场。这样到天亮的时候，联合军的第一线防御阵地被完全突破。
直到这个时候，联合军才算如梦初醒，连忙开始反突击，并开始用航空兵部队阻击前进中的zaft军ms部队。与此同时，装甲部队也离开各自的隐蔽掩体，扑向突破口地区，试图封堵战役缺口，重新建立战线。但是，在巴拿马地区，丛林和山丘密布，数量众多但单体作战能力有限的装甲部队很难有效的展开，面对更适合复杂地形下小分队作战的ms很难对其进行有效的阻滞，结果联合军的反冲击部队很快就被zaft军各个击破，在混乱和崩溃中败走。
zaft军终于接近了联合军的第二道防线，只要突破这里就到达了“奥定神枪”系统的攻击半径之内。所有的zaft军将士无不以为胜利已成定局。此时联合军巴拿马战区的指挥官也认为已经到了“生死攸关”的最后时刻。此时长期以来，面对ms的无奈和对调制人的怨恨，这位不知名的指挥官下了一道改编ce时代战争史的命令——“展开第13独立部队”，于是诞生过程一波三折的联合军ms部队终于登场了。
此时zaft军正忙于“奥定神枪”系统部署地区周围的联合军残余部队。同时，在太空中待机的战舰也开始空投“奥定神枪”系统。结果zaft军迎头撞上了冲出掩体的联合军ms部队。由于从没有碰到过类似情况，遭到打击的zaft军还以为有是传说中联合军的王牌ms——强袭高达又来了。紧接着更多的部队报告自己和敌人的ms交手，并且对手数量众多，根据这些情况zaft军终于确认——被认为无法驾驶ms的自然人也有了ms部队了。这对于zaft军来说简直就是晴天霹雳，因为能够驾驶ms是调制人自豪的根本，驾驶ms如同游戏般消灭自然人的传统部队是他们蔑视对手的源泉。然而现在，敌人也终于有了ms。战争不再是获得荣誉和自豪的游戏，变成了死亡和恐怖的地狱。
当然此时zaft军还没有时间考虑什麽其他问题，抵挡住联合军ms部队的汹涌进攻才是关键，此时联合军已经开始了全线反击。由于联合军的ms是性能不逊于ginn的strikedagger，再加上驾驶员也是属于教导队性质的精锐，zaft军一度溃不成军，部分部队开始后撤。但是巴拿马战役是zaft军赌上血本的希望之战，失败就意味着灭亡，更糟糕的是此时zaft军已经没有任何可以调动的预备队了（就是有面对联合军的全线反扑也是无济于事的），如果撤退就意味着总退却的开始，所以无论如何，为了胜利也好，为了国家的未来也好，zaft只能坚守，等待“奥定神枪”系统发挥威力。就这样，围绕着“奥定神枪”系统的部署地点，两军展开了殊死的搏斗，看到战友一个接着一个在瞬间化为乌有，恐怕直到此时zaft军将士们才感觉到了战争的残酷和无情。这是一场和时间的赛跑，zaft军必须坚持到“奥定神枪”系统启动才有胜利的希望，很多部属地点都是在和主力失去联系的情况下，坚持到全军覆没。从系统安装完毕启动到最后爆炸，是180秒，然而这180秒却如同180年一样漫长，为了这180秒，无数的士兵走向了坟墓。
随着“奥定神枪”系统的爆炸，胜利的天平完全倒向了zaft军。剧烈的电磁脉冲导致联合军的指挥系统瘫痪，ms的电子系统被毁，成了一堆废铁，同时质量加速器“巴拿马之门”也被彻底的摧毁。与此同时，zaft军一阵密集的钻地炸弹，将那位不知名的联合军指挥官和整个联合军巴拿马基地的指挥部送上了西天。瘫痪的ms也被zaft军如同游戏般摧毁殆尽。群龙无首的联合军士兵彻底的丧失了战斗的意识，纷纷举手投降，zaft军取得了战役的完全胜利。
战斗本该就此结束。然而，艰苦的战斗和惨重的代价不仅仅夺取了无数zaft军士兵的生命，更严重打击了他们自开战以来，必胜的信心和种族优越感，这使得他们普遍感到挫折和悲观，于是在高层的默许下，zaft军对投降的联合军战俘进行了疯狂的大屠杀，似乎以次来证明自己在种族上优越的，自己是不可战胜的。在联合军战俘绝望的惨叫中，巴拿马战役落下帷幕。
五、战役点评
巴拿马战役本身的过程并无过人之处，但此次战役发动方plant在战前将战役策划和政治选择紧密联系，做出了合理而准确的决策，大胆中不失理性与稳重，可谓是将“战争是政治以另一种方式的继续”这个古老的政治哲理做出了最完美的解释。战前战后，plant对战役的策划始终遵循军事服从政治的理念，同时在战役目标确定以后将战争决心贯彻到底，避免政治上的犹豫干扰前线战事，所以一战下来，plant取得了政治和军事上的丰厚回报。
此次战役中双方ms部队首次交手，虽然属于战术一级（战役级别的则要到奥布解放作战），但由此带来了军队作战样式的变革，则不容估量，经过这次交战双方取得了ms战争最初的信息，为日后大规模的ms战役集群交战奠定了基础。特别是擅长大规模战役的联合军开始了将ms融入自己庞大战争系统的进程，从而在最短的时间里完成了军队的脱胎换骨。
双方都在情报上出现了重大失误，并由此导致了整个战役决策的错位并由此带来了不应有的损失。联合军不仅对zaft可能的进攻疏于察觉，更对zaft的秘密武器一无所知，最终落得一招不慎，满盘皆输，不仅丧失了唯一的质量加速器，更让自己精锐的ms教导部队损失殆尽，给今后ms部队的培养造成了巨大的损失。而zaft军对联合军ms部队同样一无所知，并险些造成整个战役的失败，更为可怕的是，这次战役的决策过程完全没有估计到联合军ms部队的存在，由此，造成了战役决策的重大偏差，险些将整个战役葬送。由此可见战争中情报的作用是何等重要。
zaft军在战役结束后屠杀战俘的暴行，使得整个战争的性质演变成血腥的种族灭绝战争，联合军和蓝色波斯菊的极端主义思想的种子，被zaft的暴行浇灌，发育成了恶魔般的毒花，人类的命运走向了更加危险的道路。
六、战后态势
巴拿马战役结束了，zaft军如愿以偿的实现了所有既定的战略目标，联合军通往宇宙的大门被封闭，整个大西洋联邦被拦腰切成两部分首尾难顾，造成其对南美地区控制的削弱，最终演变成后来的南美独立战争。然而，和预期的不同，zaft并没有由此扭转被动的局面，为了重新建立通往月球的补给线，联合军调整了反攻部署，将战役重点转向地球，6月14日，联合军入侵中立国奥布，16日完成占领，太平洋战区的局势恶化。6月20日“第三次维多利亚攻防战”爆发，25日，维多利亚宇宙港被联合军夺回。在联合军上述的反击行动中，zaft军由于巴拿马战役消耗了大量有生力量，造成了兵力不足，没能进行有效的阻止。6月26日，plant评议会无奈的做出“加强宇宙战力”的决定，这标志着zaft军在地球上失败的开始。巴拿马之战的辉煌胜利却成了失败的开始，这似乎给人以造化弄人的荒诞感觉，有人将他归结为联合军ms部队的出现，也有人归结为联合军阿拉斯加战役的阴谋，其实plant从决策入侵地球开始，就注定了这是一场必败的战争，无论如何联合军的ms部队是迟早要走向战场的，一时的技术终究会逐步丧失，而即使没有阿拉斯加的阴谋，zaft也将在无休止的消耗战中耗尽自己最后一滴血，战争之所至称之为战争，它不仅仅是靠将士的热血就能改变的，战争是整个社会冲突的产物，因此综合国力的较量才是根本。
;
女婿小说