海军的情况就相对简单许多。内河舰队属于守备军，各海军舰队则属于常备军，内河舰队主要有长江第一、二、三舰队，各自负责武昌以西、安庆至武昌、镇江至安庆的防务，镇江以东江面则由驻崇明岛的海军第一海防舰队负责；黄河第一、第二舰队，各自负责东京以西和东京至淮安清江的河防，清江以东防务由驻海宁的海军第二海防舰队负责，此外还有海河河防舰队、辽河河防舰队，而渤海湾的防务则由驻金州的海军第三海防舰队负责。^^ **
海军还将编制成四个舰队，驻舟山昌国的第一舰队，负责北至耽罗岛，东至琉球，南至台湾海面的海防和制海权；驻威海的第二舰队，负责北至骨廆岛主簿、主事、佥事有权调动当地平级的巡防营，如县内政局主簿可以调动当地的巡防队，府内政局主事可以调动该府的巡防营，省内政厅佥事则可以调动该省巡防司下辖的所有巡防营。
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