太后下嫁摄政王一事，史学界尚有争议。有的小说家试图从爱情角度解释这桩婚姻，这恐怕有点理想主义。多尔衮生活放纵，拘豪格妻其妻，又擅娶*国王族女，一女不足其欲又娶一女，这是官书明载的事情。太后下嫁，迫于时势，有什么爱情可言，恐怕是大值推敲的。何况实际上，尽管孝庄退让一而再，再而三，最后屈身下嫁，多尔衮对皇位的觊觎丝毫没消退。有一次他还对人说：“若以我为君，以今上居储位，我何以有此病症！”福临即位后，诸臣多次提出给皇帝延师典学，多尔衮都置之不理，有意让福临荒于教育，做一个傻皇帝，致使福临十四岁亲政时，不识汉字，诸臣奏章，茫然不解。多尔衮对孝庄儿子如此，所谓“爱情”云云是很难令人信服的。
“太后下嫁摄政王”问题，是清史研究中一大疑案，至今史学界尚有争议。在民间，这个说法流传甚广，但见诸文字者，是清末刊行的明朝遗臣张煌言《苍水诗集》，其中《建夷宫词》有一首影射太后下嫁，诗文是这样写的：
上寿筋为合卺尊，慈宁宫里烂盈门；
春官昨进新仪注，大礼恭逢太后婚。
慈宁宫是皇太后的居处，春官指礼部官员。这首诗的意思是说，慈宁宫里张灯结彩喜气洋洋。昨天礼部呈进了预先拟定的礼仪格式，因为正遇上太后结婚典礼。《苍水诗集）｝一出，“太后下嫁”一事仿佛得到了证实。张煌言作诗时间大概是顺治六、七年间，当时清宫的太后有两位，一位是正宫孝端文皇后，当时年近五十，不可能嫁给三十多岁的多尔衮，另一位就是福临的母亲孝庄文皇后，她小于多尔衮两岁，因此诗中所指的太后下嫁，只能是孝庄。然而这毕竟还只是一种推测，因为诗歌吟咏，是不能作为史证的。清亡后，民国教育部清理礼部档案，发现存档的历科殿试策文中有“皇父摄政王”字样，与“皇上”同格抬写；后来清理大库红本（皇帝御批之件〕档案，发现顺治四年之后内外奏疏亦多称“皇父”，与蒋良骐《东华录》顺治五年诏封皇叔父为皇父摄政王、顺治八年追论多尔衮罪状诏中“自称皇父摄政王”、“又亲到皇宫内院”等语正相照映，加上孝庄死后不与皇太极合葬，而是独葬关内，所以许多人认为，太后下嫁一事大致可作定论。
著名清史学家孟森却不同意这一说法，认为张煌言对清廷怀有成见，其诗不能作为史实根据，帝后分葬在清代不乏其例。如真有其事，当时私人著述里应该有所反映，清末民初有大量的前清私家著述印行问世，除了张煌言的诗之外，没有什么可以印证“太后”下嫁摄政王的史料，因而下嫁云云，是“敌国”（指南明政权）之传闻而已。
但也有人认为此事发生．的可能性极大。*李朝实录中有一段文字涉及“皇父”，很可玩味：“顺治六年二月壬寅，上潮鲜国王）曰：‘清国咨文中有皇父摄政王之语，此何举措？’金自点曰：‘臣问于来使，则答曰今则去叔字，朝贺一事，与皇帝一体云。’郑太和曰：‘敕中虽无此语，似是已为太上矣！’上曰：‘然则二帝矣！’”清廷使臣答*官员金自点那句话，含糊其辞，闪闪烁烁，正可说明其中有难言之隐，*大臣郑太和已看出其中委曲，指出多尔衮已作了太上皇，那么实际上就是说多尔衮已经当了皇帝的父亲，这跟说太后下嫁摄政王是一个意思。
多尔衮死时，追谥为“诚敬义皇帝”，用皇帝丧仪，神位附太庙（祭祖之地），这种待遇，除了皇帝本人，只有以旁支入继大统的皇帝的生父才配享用，如果作为皇叔或者辅政大臣，多尔衮是难以企及的，所以我们可以说，孝庄下嫁多尔衮是很有可能的。相信随着新史料的发现，这个历史疑案迟早会真相大白。
顺治七年（1650）十二月，多尔衮出猎，死于喀喇城，被追尊为“诚敬义皇帝”，用皇帝丧仪。福临亲政，来到两月，即宣布多尔衮“谋篡大位”等种种罪状，削爵毁墓并撤去太庙牌位，籍没家产，多尔衮的党羽也受到清洗。在“倒多”过程中，济尔哈朗取而代之，成为一个新的权力集中点。孝庄敏锐地发现了这一苗头，防微杜渐，让福临发布上谕，宣布一切章奏悉进皇帝亲览，不必启和硕郑亲王（济尔哈朗），消除了可能产生的隐患。年少的皇帝在太后的安排下理政、读书，如饥似渴地吸收汉文化，在大胆使用汉官、整顿吏治等方面，开创了清初政治新局面。
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