但长州藩兵势力不弱，加上幕府要征讨长州藩，便向另外一家仍处于中立地位的九州藩要求结盟。顿时，整个日本俨然成为一个三方势力的三国时代。
九州藩还没回复。一直庞大的海上舰队倒是出现了，直接来到江户湾，近十艘军舰陈列在海湾里。幕府将军德川家定被惊吓之后忽然病倒，当夜竟然过世。而这时，主持幕府的两位大老阿部正弘和井伊直弼相互之间开始进行权利的争夺互斗，阿部正弘落败被杀。井伊直弼成为主持幕府的大老。
大权在握的井伊直弼为了保证自己的权利平稳过渡，一意孤行，未经天皇批准便与来袭的舰队谈和。
他担心受到两面夹击，兵力不足，想着攘外必须安内的打算，决定对内强硬，对外妥协。
于是，幕府大军一方面从本州岛向西部进发，直逼中部的京都，一方面，向逼近江户湾的舰队求和。原来，陈兵江户湾的舰队是中华帝国的北洋舰队和东洋舰队组成，趁火打劫来到江户湾示威，没想到，幕府无人，还真威逼成功了。
无奈之下，幕府派出井上清直、岩濑忠震两人作为全权代表，赶赴军舰之上，与赶来的中华帝国特使罗森签订了《日中友好通商条约》。
条约规定，日本同意中华帝国向江户派驻公使，向开港地区派驻领事。日本向中华帝国开放神奈川、箱馆、兵库、下田、大阪为通商口岸，中华帝国有自由出入等一切自由。日本向中华帝国输出货品关税税率为5%，而中华帝国输入日本的货品关税为免税，日本无权自主确定关税。中华帝国的钱币可在日本国内自由流通。中华帝国在日本驻地领事拥有领事裁判权。日本外海防务遭受攻击时，可向中华帝国请求出兵，并支付相应兵饷；日本遭受叛乱或是外来攻击时，可以借用中华帝国的军队进行抵挡和镇压。
这个条约一签订，整个日本一下哗然。
长州藩藩主毛利敬亲当即宣告幕府是大日本卖国贼，要求幕府将军下台，强烈请求孝明天皇出来亲政。
只有幕府有苦难言。他们其实也是为了能专心出兵征讨长州藩的讨幕大军，不想再同时与中华帝国开战，加上长崎已经被九州藩所占，再多开几个港口正好可以更多的征收关税。因此，幕府毫不犹豫地便签署了条约。
外部解决，井伊直弼扶持血统最近的德川庆福继任征夷大将军，并将其改名为德川家茂，一时间，大权在握，成为幕府的实际掌控者。他当即下令，和百余藩国组成的幕府大军攻打长州藩。
在中华帝国这个外来力量的影响下，日本近代历史开始了改变。
因为没有原本两大强藩摩萨和佐贺藩的参与，长州藩和幕府军势均力敌，双方在距离京都不远的地方发生激战，各有死伤，双方你来我往，相持下来，不过，总体来说，幕府兵力虽然众多，但长州藩武器精良，幕府军竟隐隐有落败迹象。
而这时，身在九州藩的罗森，从中华帝国运来一大批原本缴获的满清老式鸟枪，源源不断地出售给幕府，让幕府兵重新稳住了势头。
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