这三个机构的权力依次降低，结合起来行使检查监察职能。内法堂人员由教主兼院长的康宁任命，专业审查委员会由大图书馆提名，并由大图书馆提供顾问咨询，四民会议由内部选举产生，院长任命。内法堂堂主兼任右议院议长。
下议院，主要由各个专业委员会以及独立议员组成，是一个不完全独立的议会性质的结构，说它缺少独立性，是因为大部分人员都由专业行业的翘楚兼职，缺少康宁将来最需要的监督机制。人选由专业审查委员会提名，或者院长直接任命。
元老院作为一个整体，除了已成立或者计划成立的几个政府性质的职能单位之外，还直属几个特殊机构。
大图书馆，对外招牌是独树楼——名称是因为门口只有左侧有一棵大树，本来右侧移植了一棵，不过没养活，后来有好事者说这个名字的谐音是读书，刚好符合大图书馆的内涵，说以就以此定名。它作为转生者们的最大数据库，记载了大多数九六时空已知的知识，并汇聚且即将汇聚更多的古往今来的大贤大能之人。
大图书馆还包括两个骑兵连和一个步兵营。他们协同作战可以保证里面的重要人员在遭遇突袭的情况下，紧急撤离。
同时，他的旁边就是元老院的另外一个特殊机构，契卡。
契卡的名称借鉴自俄国十月革命时期，捷尔任斯基创立的强力机构。目的是在全国范围内消灭和制止***和怠工行为，将其积极分子交由法庭处理，同时还进行前期侦查和预审。但在这里，他的能力也被削弱，同时被赋予了反贪腐和审计职能，更多的像是一个大号的廉政公署。
有鉴于康宁商业立国的构想，反贪腐工作就变得极为重要，所以用契卡这么一个强力色彩浓厚的名字替换掉廉政公署，也是大势所趋。至于已经存在或即将出现的反商行分子，则交由另外一个特殊机构来处理。
它就是刘桃枝领导的军情七处。就连其它穿越者，也在他的侦察范围之内。
契卡和军情七处都拥有自己的武装力量，其中军情七处还不止一支，但都相当隐秘。
至于具备政府职能的各个堂口，地方政府职能的各个分舵，自然也都是元老院的下属机构。只不过各个总堂还在建设之中，分舵还是老旧的组织形式。前者需要逐渐向政府部门看齐，争取在制度构建上建立对明朝的优势，后者需要向元老院看齐，做成一个个精简版的，由中央总堂派出人员组建的，拥有较全面职能的地方单元。
当然，元老院也存在他的弊端，比如部分构成实质上已经构成行政部门，将来如若建国，必然需要裁撤改进，但康宁现在更需要专业人才更好的发挥自己跌才能，所以必须给他们施展才华提供足够的条件，这其中就包括话语权。
所以，专业委员会所组成的下议院，是整个元老院当中，目前最被他看中的机构。目前，大规模的对外战争还不可能，武器的改良和制造反而是重中之重，监督权在发展初期虽然需要打好基础，塑造良好风气，但大多数转生者都能管好自己，而且关系到人类将来的生死存亡，所以一般不会出乱子。至于那些土著，塑造良好作风的任务，更多的是教育口的工作。
教育口是继国防军工口之后，又将成立的职能部门，康宁恶趣味的为之取名，黄莲堂。
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