学园都市是面积占据东京都西部三分之一的都市，居住着230万人，其中八成以上是科学势力的代表：学生。拥有世界上最尖端的科技，一般认为领先外界约30年。学园都市由统括理事长亚雷斯塔.克劳利花费50年的时间创建，由全权管理。由于技术、研究多数都是高度机密事项，学园都市内的警戒体制非常严格，对人员进出有严格的限制。
学园都市是一个由二十三个学区构成的巨大的教育机构的集合体，对外界打着记忆术的幌子，以发掘超能力而提供特殊的教育课程，主要靠从外部招收学生。除了教育机构，还有面向学生的研究机构，生产、商业设施，国际展示场、国际机场等等所需要的生活设施都齐备。
学园都市虽然与外部隔离，但是在某些特定时段会向社会公众开放。学生家长及社会人士可以在这些时段里进入学园都市进行参观，而且还有现场电视直播能力者互相战斗的场面！
学园都市的学生，大部分居住在学校的宿舍中，并在各个学校中接受能力开发。学园都市的学生大都借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。有各种类型不同能力，以范围和威力分为无能力者（level0）、低能力者（level1）、异能力者（level2）、强能力者（level3）、大能力者（level4）、超能力者（level5）、绝对能力者（level6），实际绝对能力者只是理论上存在进化为level6的可能，并没有哪一个人成功进化为level6。每隔一定时间会进行身体检查，重新测定一次，但学生中的六成是无能力者，而学园都市中超能力者也只有七人。
学园都市内不存在警察，只有风纪委员（judgement）和教师自愿参与的警备员（anti－skill）维护治安。另外还有直属学园都市上层的暗部组织，是“光明”与“黑暗”并存的城市。
阳光洒在这座城市，很是静谧。林立的高楼大厦并没有给这座城市带来混凝土的死气。优质的绿化和空气循环系统营造了适宜人们居住的环境。街道上，保洁机器人正不知疲惫地工作，清洗着这座城市的污垢。而圆筒状的警卫机器人也四处勤奋地巡逻。
蔚蓝的天空中，一艘飞艇漂浮着，巨大的显示屏随时向城市里的人们传送着天气预报及重大消息。譬如，兵库北雨19c60%/40%。
正值假日，街道上三三两两的学生嬉笑散步，为这座城市平添几分青春活力。
神上瞳的身影突兀地出现在大街上，引得路人侧目。让人惊奇的不是凭空出现的能力，在学园都市，空间能力者不在少数。不明真相的旁人只不过好奇，居然有人堂而皇之地违反“不得在公众场合使用能力”的禁令。他们恐怕想不到，眼前之人是——异次元的来客。
神上瞳无视了路人的诧异，好奇地打量这座城市。没等他欣赏完科学侧的大本营。异样的情形让他皱了皱眉。
一家银行不知为什么在正常的营业的时间紧闭大门。突然，一位小女孩出现在门外，似乎是被银行里的某位空间能力者传送了出来。
（这场景好熟悉……原来如此，是“那个”剧情没错了。）
若有所思地点了点头，他回忆起剧情。
剧情开始的一年前，初春饰利和白井黑子刚刚加入风纪委员，没想到和固法前辈去银行取钱时遇到了银行劫匪。初出茅庐的白井黑子很不理智地与劫匪发生正面冲突，结果受了伤，为了不连累到初春而动用能力把她传送了出去。
“固法前辈……白井同学……怎么会这样？！”初春一脸茫然、担忧，一副手足无措的样子。对于小学还未毕业的她来说，眼下的情况简直要把她的心灵压垮了。“我该怎么办？”眼泪不住地往外涌。
这时，温暖的手轻轻抚摸她的小脑袋。
“不要害怕，接下来的事就交给我吧。”
初春抬头一看，一位阳光帅气的大哥哥正温柔地看她。阳光照在他身上，仿佛连光辉的太阳都不及他那耀眼的光芒。此刻从她心底涌起的温暖，是名为憧憬的情绪。
与此同时，被封闭的银行内部。蒙面的劫匪猖狂地笑着，仿佛嘲笑白井黑子的愚蠢。
“呦，真是可爱的小丫头。明明可以自己逃走，却把机会留给了同伴么？”
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