在新的世纪伊始，东南亚地区军事形总体趋向稳定，但局部地区仍有动荡。东盟努力推进本地区的经济一体化，为这一地区的经济注入了新的活力。这几年，东南亚一些国家加强同美国的军事合作关系；东南亚成为世界反恐怖斗争的重要阵地；一些国家的双边军事合作关系趋于密切；一些国家调整军事战略并更新装备。
东南亚一些国家加强同美国的军事合作关系
新世纪伊始，东南亚国家和美国举行的多边军事演习日益频繁。其背景一方面是对中国经济的快速发展抱有戒心；另一方面是由于俄罗斯从其在东南亚惟一军事据点－越南中部的金兰湾基地全面撤,.之一地区的国家出于平衡关系的动机和其它方面的考虑，开始重新接近美国。
以住东南亚国家为了在美中两国之间保持平衡，在向美军提供基地问题上一直采取消极态度。但是，近几年，东南亚国家开始希望美军保持存在，以维护这一地区的稳定。
从美国的需求来看，美国更愿意加强同东南亚国家的军事合作关系。在加强有东南亚国家军事合作关系的具体措施方面，目前美国倾向于进行多边军事演习，其考虑是想在爆发冲突时主要由这一地区国家来应对，美国只间接进行干预。与此同时，美国也想削减军事演预算。另一方面，对东南亚国家来说，与单独同美国举行军事演习相比，多边军事演习更容易参加。以美军为主的多边军事演习实际上已经在东南亚扎根，但演习范围只限于维和行动与救援行动。
东南亚成为世界反恐怖斗争的重要阵地
随着美国反恐怖斗争的扩大，东南亚地区已成为了重要阵地。虽然东南亚远离在美国发生的恐怖袭击事件，但这一地已开始成为美国关注的重要地区之一。随着反恐怖行动的深入，美国政府明确宣布，菲律宾、马来西亚和印尼的一些穆斯林恐怖主义组织与奥萨马有密切关系，也是美国进行打击的对象。这表明，美国对国际恐怖主义的斗争，已不仅仅局限在中东与中亚，东南亚也成为了美国密切关注的地区之一。
东南亚是世界上最大的穆斯林聚居地之一，穆斯林人口超过2.1亿。近年来，印度尼西亚频频发生宗教仇杀，菲律宾绑架和爆炸事件不断，马来西亚原教主义日渐猖獗。随着美国威胁要在世界范围内追捕恐怖分子，东南亚成了关键的战场。
美国反对国际恐怖主义的斗争，已经引起了东南亚地区局势的变化，今后可能还会发生更多变化。美国及其盟国展开的反恐战争，对东南亚产生了三大影响：一是激化一些国家的政府与其国内的激进穆斯林组织的矛盾；二是促使东南亚穆斯林激进势力进一步国际化；三是使一些国家本来就不景气的经济雪上加霜。美国反对恐怖主义，尤其是对阿富汗进行军事打击，在东南亚的穆斯林世界激起了轩然大波，甚至可能导致马来西亚和印度尼西亚两个国家出现内部动荡和政局不稳。
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