元帝因王敦作逆，忧愤成病，将笃，乃召司空王导入内，受遗诏辅政。王导入内，嘱曰：“朕自琅玡王得遇卿至此，不幸病笃，谅已难逃天命。朕闻神尧以一旅取天下，吾以天下不能讨五胡，而雪三帝之耻，朕所恨在此，愧见先帝于九泉之下耳。”言讫而昏，徐徐又醒，谓王导曰：“太子笃厚恭谨，可任大事，汝等宜辅佐之，各尽忠义之心，以图灭胡之计，勿少忘焉。”言讫而崩。帝年四十七岁，在位十六年而崩。
帝性简俭冲素，容纳直言。初镇江东，颇以酒废事，王导深以为言，帝命酌，引觞覆之，于是遂绝不饮。有司尝奏太极殿广室，宜施绛帐，帝曰：“汉文集上书皂囊为幔”遂令冬施青布，夏施青练帷帐。将拜贵人，有司请市雀钗，帝以烦费不许；所幸郑夫人，衣无文彩耳。始先秦时有望气者云：五百年后，金陵有王者气。故始皇东游以厌之，改其地曰秣陵，堑其山以绝其势。及孙权之称号，自谓当之。孙盛以为始皇逮于孙氏，四百三十七载，考其替数，犹为未及。元帝之渡江也，乃五百二十六年，真人正应在于此矣。天意人事，又符中兴之兆。太安之际，童谣：“五马浮渡江，一马化为龙”，识者以为吴越当兴王者，是岁元帝与四王司马氏共渡江，帝竟登大位焉。
初，《玄石图》有“牛继马后”之说，故宣帝深忌牛氏，遂以二榼共一口以贮酒。帝先食佳者，而以毒酒鸩其将牛金，而恭王妃夏侯氏，竟通小吏牛氏而生元帝，亦有符云矣。
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