天聖九年十一月，徙三館於左昇龍門外。嘉祐四年，還崇文院于禁中。內藏庫請以前十三間與三館，詔從之。元豐六年，復以還內藏庫。元祐二年，既復置館職，在省凡二十餘員，遂以大慶殿中朝服法物庫與內藏庫，而嘉祐所廣十三間復以歸祕書省，於是遂定。
政和中，新作明堂于皇城之東隅，遷左藏庫于天漢橋之東北。又度地於端門之東南、馳道之左、橫街之南為祕書省。方棟宇未成，遷祕書省于西府之空位。空位二相屬，前位居省官與祕四庫之書，古畫、器物咸在；後位為著作局編修會要所。宣和三年，新省成。櫺星門東向，在景靈宮東北門少西，殿門南向，中為右文殿。殿之後為道山堂，堂之後為監、少直舍。直舍之後為著作局，局有廳，有直舍、書庫、吏舍，周以兩廡。右文殿東廡便門之東，祕在焉。祕之後為提舉官廳事，廳事之後為提舉官直舍，直舍之後為編修會要所。書局旋罷，不果入。祕之南為丞、郎直舍，直舍之南為提舉三館祕官廳事，周以四廡，校、正直舍與吏舍、書庫等在焉。朱碧輝煥，棟宇宏麗，上鄰清都，為京城官府之冠。
儲藏
淳化元年七月，以御製《祕藏詮》十卷、《逍遙咏》十一卷、《祕藏諸雜詩賦》十卷、《佛賦》一卷、《幽隱律詩》四卷、《感懷一百韻詩》四卷、《懷感迴文五七言》一卷，凡四十一卷，藏於祕。
淳化三年九月，幸新祕。帝登，觀羣書齊整，喜形于色，謂侍臣曰：“喪亂以來，經籍散失，周孔之教，將墜于地，朕即位之後，多方收拾，抄寫購募，今方及數萬卷，千古治亂之道，竝在其中矣。”即召侍臣賜坐命酒，仍召三館學上預坐。日晚還宮，顧昭宣使王繼恩曰：“爾可召傅潛、戴興，令至下，恣觀書籍，給御酒與諸將飲宴。”潛等皆典禁兵，帝欲其知文儒之盛故也。他日，又詔侍臣曰：“邇來武人子孫，頗有習儒學者，蓋由人所好耳。”呂蒙正曰：“國家襃待文士，爵祿非輕，故人人自勸，乃聖化所及。”
至道元年六月，命內品、監祕三館書籍裴愈使江南、兩浙諸州，尋訪圖書。如願進納入官，優給價值；如不願進納者，就所在差能書吏借本抄寫，即時給還，仍齎御書石本所在分賜之。愈還，凡得古書六十餘卷，名畫四十五軸，古琴九，王羲之、貝靈該、懷素等墨跡共八本，藏於祕。先是，遣使於諸道，訪募古書、奇畫及先賢墨跡，小則償以金帛，大則授之以官，數年之間，獻圖書於闕下者不可勝計，諸道又募得者數倍。復詔史館盡取天文、占候、讖緯、方術等書五千一十二卷，並內出古畫、墨跡百一十四軸，悉令藏於祕，圖書之盛，近代無比。
咸平二年七月甲辰，幸國子監，還幸崇文院閱羣書，命從官縱覽。登祕，觀太宗聖製墨跡。上惻愴久之。賜祕書監楊徽之、集賢院學士錢若水及館官、點檢書籍劉承珪等器帛職掌緡錢。
咸平三年二月，詔藏《太宗御集》三十卷於祕，仍錄別本藏三館。
咸平間，帝嘗謂宰臣曰：“三館祕書籍，近聞頗不整一，多有散失，讎校亦匪精詳，遂使傳聞迭為差誤，自今凡差官校勘及典掌者，當嚴行約束，庶絕因循。”直史館謝泌上言：“國家圖書，未有次序。唐朝嘗分經、史、子、集為四庫，命薛稷、沈佺期、武平一、馬懷素人掌一庫，望遵故事。”上嘉之，遂命泌與館職四人分領四庫，泌領集庫。四年三月，詔三館所少書有進納者，卷給千錢，三百卷以上，量材錄用。
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