初，《大明会典》成，内阁自李东阳而下至翰林、春坊皆升职。瑾以为破坏祖宗制书，妄增新例，毁其书，悉追夺各官升职，惟东阳不夺。瑾又欲挫抑文学官，乃捏旨谓翰林官不识事体，摘十余人姓名，升调两京各部属官，令其拓充政事。朝野哄然。
逆瑾又欲革天下巡抚官，云旧制所无，天顺间亦曾革罢，遂将各处巡抚都御史取回。后与内阁议不可，止将腹里巡抚革去，其漕运及边方都御史俱不革。又欲将各衙门添设官及提学、兵备悉行裁革，后内阁议提学不可革，从之。
华容刘尚书大夏既致仕，逆瑾知其受知先朝，常欲按致于法。又被同年焦芳忌嫉，会广西土官岑猛先年被大夏与都御史潘蕃奏迁福建，至是厚赂得复。瑾遂以迁徙土官为非法，通逮至京，欲寘刘等重辟。下之廷议，诸大臣不敢吐一语。独屠都御史滽曰：“刘大夏此何罪，必欲致之死？当拟‘不应’。”瑾怒骂屠恶语：“汝党刘邪？”明日大臣以屠议奏。瑾谋于焦芳并刘宇，宇又素嫉刘者，乃劾刘某轻将夷人迁徙，与潘蕃俱发边戍。瑾初拟广西边卫，焦曰：“是送二人归也。”乃定肃州卫。刘赴肃州时，故旧皆避不来会。独乡人严仲宏赠诗，和答之。《过六盘山寄李阁老》末句云：“寄谢同年老知己，天涯孤客几时还？”《归自六盘和前韵》末句云：“凭谁寄语中州子，前度刘郎今已还。”中州子指芳、宇二人也。
刘瑾既止各边送银，又禁商人报纳边储，遂大匮乏。因询国初如何充足，浅识者以为国初屯田修举，故军食自足，后为势家所占，以此军不自给。瑾遂慨然修举屯田，分遣郎中胡汝砺、御史杨武、少猛颜颐寿等往各边丈量屯田，以增出地亩甚多及追完积逋者为能，否则罪之。又命散银于近边州县百姓，买米陪脚耗运送边仓交纳。奉行苛刻，人不聊生。其增屯田，每至数百余顷，悉令出租。大理少卿周东在宁夏与都御史安惟学比较屯粮，严加刑于军官妻子，人心愤怨。千户何锦等遂与安化王谋起兵，传檄以诛瑾等为名。瑾祸自是起矣。
浙江绍兴府勘报经明行修者四人，内余姚三人。逆瑾以为谢阁老迁所私，执送锦衣卫镇抚司问。其一人妄招，词连谢，因及洛阳。刘瑾以为奇货，可聘宿忿，笑曰：“今入我彀中矣。”言于上，必欲置谢于边戍。赖李阁老曲为辨析，令其为民。
江西南城、万安二县人萧明举等因事叛归满剌加国，充本国通事，伴送进贡番夷，道杀其数人，而私货财。为逻者所得，瑾寘之极典。因其党以江西事激之者，乃将二县人俱照余姚县例，不与做京朝官。又欲将江西科举解额止与三十名，后不果行。
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