董卓又向刘辩询问事变经过，刘辩语无伦次，而刘协却能表述清楚，董卓知道刘协是董太后抚养长大，自己号“董侯”，董卓便自认为与董太后同族，于是心生欢喜，意欲立刘协。
董卓屯兵城外，每日带铁甲马军入城，横行街市，百姓惶惶不安，出入宫庭，略无忌惮。
原大将军何进和车骑将军何苗的军队也被董卓收编，董卓掌握了洛阳的所有军权。
原大将军府幕僚鲍信不肯归附董卓，向袁绍提出将董卓引诱杀害的计划，袁绍不敢，鲍信则弃官逃亡。朝廷罢免司空刘弘，派使者到显阳苑拜董卓为司空。
董卓邀请袁绍到显阳苑商议废立。
董卓肆无忌惮地说：“少帝愚昧懦弱，不能敬奉宗庙，没有资格担任天下的君主。为了国家和汉室江山着想，我想效法伊尹放太甲，霍光废昌邑的故事，废掉少帝，改立渤海王刘协为天子！”
袁绍大惊失色，心下骇然，当即不同意，提出要去请示太傅袁隗。
袁绍怒声骂道：“此汝之私心也，祸国殃民，恐怕大多数人都不会同意你的意见！”
董卓闻言大怒：“竖子！天下事岂不决我？我今为之，谁敢不从？尔谓董卓刀为不利乎！”
袁绍反讥：“天下健者，岂唯董公？”
袁绍然后拿着佩刀作揖而去，董卓奈于袁绍四世三公之后，只能暂且容忍他一回，放他回去了。
而后，气不过的董卓带领兵将百人，亲自登门拜访袁隗，商议废立之事，看着刀光血影的西凉雄兵，袁隗岂敢不从。
董卓于是在朝会上提出废立之事，并以霍光事为例，自比田延年（谁反对就立刻处死）。
四月一日，在崇德前殿，尚书丁宫主持废立仪式，太傅袁隗将刘辩扶下皇座，解除玉玺印绶转交给刘协，然后扶刘协正式登基。
废立皇帝之后，董卓又对何太后看不顺眼，认为她有碍自己在朝廷上下自由行动和树立威信。
于是，董卓又大会群臣，向大臣们数落太后所谓的罪行，说她如何如何逼迫婆母永乐皇太后，以致皇太后忧虑而死。
这种违背婆媳常理、不讲孝顺礼节的教法，应当受到严厉惩处。
之后，董卓便责令何太后迁居永安宫，不久，董卓又借故杀死少帝刘辩，毒死何太后。
董卓将自己由司空改任太尉，兼领前将军，加节，赐斧钺、虎贲，更封郿侯。后又自拜国相，跃居三公之首，掌宰相权。
董卓成为“一人之下，万人之上”的国相，享有“赞拜不名、入朝不趋、剑履上殿”等特权（夜宿龙榻，淫乱后宫），自己加官进爵后，董卓还利用自己手中的特权，大肆加封董氏家族成员。
董卓还暗中培养爪牙，广为收罗亲信，用拉拢、诱惑、排挤等手段打击和陷害一切于己不利的势力和集团。
封侯后，董卓也极力拉拢司徒黄琬，司空杨彪，抬举和扶植已被贬斥的陈蕃、窦武等人，董卓利用手中特权，重新提升和任用大批党人，如侍中伍琼、尚书郑公业、长史何颥等。
董卓受周毖、伍琼之言，为收纳名望和平息反对，重新任用党人，荀爽、陈纪、韩融等人都不自愿地受到任用，又以袁绍为渤海太守、韩馥为冀州牧、刘岱为兖州刺史、孔伷为豫州刺史。
董卓见城中富足贵族府第连绵，家家殷实，金帛财产无数，便放纵手下士兵，实行所谓“收牢”运动。
这些士兵到处杀人放火，奸**女，劫掠物资，把整个洛阳城闹得鸡犬不宁，怨声载道。
而朝中一批俊杰纷纷外逃，袁绍远奔河北，袁术南下南阳，曹操遁往陈留，鲍信往归泰山。
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