女真为主体的金廷人主中原后，北方先后出现了太一教（1138年，河南卫辉人萧抱珍）、大德教(1142年，河北沧州人刘德仁）、全真道三足鼎立的局面，由于王重阳创建了完善的教义、教制，王玉阳、邱处机、刘处玄等教首被金帝征召完成第一步飞跃，邱处机拜渴蒙古成吉思汗完成第二步飞跃，使全真道在北方道教诸派中脱颖而出，取得了“自由建造宫观，广收徒众”的优势地位。至元六年（1269)，忽必烈诏封全真道所尊东华帝君、钟离汉、吕洞宾、刘海蟾、王重阳五祖为“真君”（王重阳为“全真开化真君”），后人称“北五祖”；又封王重阳七大弟子为“真人”，世称“七真”。至大三年（1310)，元武宗加封全真五祖为“帝君”（王重阳为“全真开化辅极帝君”），七真为“真君”；邱处机弟子尹志平等十八人为“真人”。教门之盛可谓空前绝后，“千年以来道门开辟，未有今日之盛！”，其贵盛堪称道教诸派之冠。
昆箭山作为全真道的发祥地和祖庭，受到蒙元政权以及所在宁海王的明令保护。蒙古时期，乃马贞与海迷失两位皇后保护道观的懿旨立于昆嵛山烟霞洞；元宪宗八年（1258)，刚被封为宁海王的哈鲁罕自黑龙江颁发旨令于宁海州刻于烟霞洞神清宫山门内：不得骚扰、夺占昆箭山祖庭宫观、土地、庄子和山林等；中统三年（1262)，新封宁海王亦思马自上都（内蒙古多伦）颁令于昆箭山，赠唐四仙姑“寓真资化顺道真人”多这一时期的昆嵛山还出现了几个鞠躬尽瘁弘扬道法的大师，使昆箭山的全真道发展达到顶峰。
李道元（生辰不详-1320)，道号清贫子，河南卫辉路淇州朝歌人。受度于武当山袁姓高道，得法于洞明真人（王玉阳高徒孙道古，道号灵神子，灵神洞明贞晦真人）全真门下。十岁时，父母俱丧，后到同乡铁户孙提举家为婿。不惑之年起念出家，持钵云游，毁炼睡眠。经年心地未明，遂到武当山随袁先生学道，开凿石洞；后往邓州、风翔，复回真定。至元二十六年(1289)，被洞明真人传人寻访，得号清贫子。先在大都洞阳观暂住，当年四月至云州金阁山，拜受山主。昼服重役，夜炼睡眠，阅三载，终得登仙。李道元在云州金阁山十多年，为成就大殿、寿宫、灵堂及树立丰碑都付出很多辛劳。大德三年（1299)，晋王令旨封“抱元真净清贫真人”。大德六年(1302)，从云州金阁山来到昆箭山经营。至大三年（1310年），钦受圣旨护持东华宫，当年七月蒙宁海王麾下总管忻都保举敬为受宁海王令旨护持东华宫，为昆嵛山全真教发展鞠躬尽瘁，死而后已。
李道元在昆箭山的营建主要在紫金峰。昆箭山七十二峰，紫金峰位于昆箭山南麓，海拔257米，峰秀洞幽，怪石嶙峋，独占群峰之秀。清代学者、邑人于观贞曾赋《雨后登紫金峰》：“紫金峰下访全真、曲转萝坡少四邻。策杖频怀招隐愿，披棒忽结看山因。雨余屐踏苔云破，洞口泉梳石发新。仰羡五华碑字古，攀登狮座更挥尘”。李道元来昆嵛山后在紫金峰竭力兴筑，造洞建碑。其主要功德有：
开凿紫府洞（东华洞）。1302年，开紫府洞，俗称东华洞（1993年，原洞加深）。从莱州运来白色大理石，凿五祖七真等法身十七身，安坐洞中；又置石供质案瓶炉于其内。
采玉石建立五华碑。从文献看，五华碑应为一大四小共五石碑，“以碑为壁做石楼阁”，碑则记昆嵛山全真教发展历史、昆箭山全真教建筑修筑经过。皇庆元年（1312)，在三清殿东侧建八角琉璃阁，中立“东华紫府辅元立极大帝君碑”，翰林修撰邓文原撰文，翰林学士承旨资善大夫知制浩兼修国史张仲寿书丹，翰林侍读学士朝列大夫知制浩同修国史赵孟倾篆额，清代阮元《山左金石录》录人，曰“此碑……文既典重有体不蹈元人案臼，书法颇与文敏相类，而文敏，篆额结体谨严，不类他刻，可称三绝。”给予极高评价。原有小块见诸果园小房，现已难觅踪影。
修复东华宫。创教初期(1167-1169)，王重阳与徒弟们的活动区域仅在神清观（烟霞洞）和姜实庵，活动范围较小。金大定二十二年（1182)，马丹阳发现峰前有石坛花圃、丹灶神炉，访宗推原，认定为全真五祖之首的”东华紫府辅元立极大帝君”王玄甫之古宅旧址，遂召集道众，修建东华宫。金代东华宫规模不大，王玉阳有《致契遇、东华二庵道众》诗。金贞佑年间(1214-1217)，马丹阳所建东华宫毁于兵火，王玉阳令其徒扈庆真修葺。李道元在开凿紫府洞、建立五华碑后，又“起三殿兼斋厨，凿石为山门、石栏干”，这才算功缘毕集，大功告成。到至大元年（1308年），东华宫已建成占地上万平方米，碑碣林立、气势恢弘的道教丛林，成为昆箭山全真教主要道场。清朝光绪年间还有众多石碑，如至治三年（1323)张仲寿撰《抱元真净清贫李真人道行碑》，大德九年（1305）焦养直撰、张仲寿书丹、谭振宗篆额碑，元至正六年（1346年）东牟处士秦才篆额、东牟逸士崔佐撰并书的《增修东华宫碑》，记载东华宫发展历史，可惜都已散失。
延佑四年（1317）冬十一月，李道元又开朝阳洞，成群鹤来自西北；延佑五年（1318)夏，建石殿，奉太上、迎圣像。安奉之次，复有群鹤向西北来，殿前盘绕久之而去。延佑七年（1320)三月，召弟子耿道清，交代完东华宫前建立石桥的遗愿后，无疾而逝，享年76岁。其间，大德九年(1305)，李道元还前往莱阳迎仙宫安葬羽化于斯的马丹阳，凿石为椁，立碑以记其事；延佑元年(1314）莱阳人听说道元“持戒精严道心纯一”，来东华宫延请道元到莱阳南早年邱处机所创建迎仙宫住持。此时殿宇塑像已毁，李道元整修如故，复立砖阁，造玉石像安奉于内；又将丹阳祖师所度十界元百仙图旋转刻像，各镌姓名，立碑纪之。三年以后钦奉圣旨护持迎仙宫。
耿道清（生辰不详-1343)，李道元徒弟，东华宫住持。见于查山云光洞至正七年（1347年）《重修增福延寿宫碑记》、泰定五年(1328)《寓真资化顺道真人唐四仙姑祠堂碑》。耿道清也为昆箭山全真教做出了重大贡献，主要完成李道元的遗愿募建迎仙桥，并倡议兴建玉皇阁。迎仙桥，在东华宫西，桥之两端凿石为将军（石人像）镇之，故俗名将军桥，至治间（1321一1323）东华宫道士耿道清筑，有至治二年（1322)碑。耿道清不韪先师嘱咐，托钵南游江西路，找到李道元旧相识南丰州达鲁花赤那怀等，募得中统钞五千余贯，遵从李道元的遗愿建立石桥。石桥高40尺，长120尺，阔12尺。
玉皇阁。东华宫主要殿宇建筑修营完善后，东华宫提点耿道清曰：“人为万物最灵贵者，天地之间，惟上帝玉皇至尊至大，为人之大宗也，可不立而祀焉。古云豺獭尚知报本，而况于人呼！”于是规划筹资，.在东华宫北、东华洞上约数十尺高的一块平坦巨石上鸠工劈石，兴建玉皇阁以为朝夕参礼祝延圣寿之坛。营谋未成而羽化登仙。山主殷志和及继任提点韩道微、董道安等人继之，文登县达鲁花赤大都驴、文登县洪水寨宋云用鼎力襄助，各施统钞二千贯。石阁完成后，又命石匠以白玉石刻圣像，安于其座。
武道彬（生辰不详-1330)邑居无考，赐号“云真渊静明道真人”，素工医术、卜筮，乐施者甚众，问道德、求法名者又多，虽日夜问答无少倦怠。大德元年（1297）五月，郡旱求雨，泽流四方；三年(1299）施法驱蝗。武宗皇帝降玺书护其宫，宗藩及显宗居晋邸时皆发教为真人维持；宁海王又锡以“云真渊静明道真人”之号，赐金冠云鹤氅。无疾而逝。元天历三年（1330)中宪大夫、太子左赞善张起岩为做《道行碑》，弟子王道安、刘道永立石，字多剥蚀不可辩。卒于东华宫之东堂，寿年八十。官僚士庶咸集于庭，表号致奠者不绝。
除了几个高道，这一时期另一令人惊叹的遗迹是圣经山摩崖石刻即太上老子道德经摩崖石刻。摩崖石刻位于紫金峰西北方向海拔358米的圣经山之颠。山顶两石屹立，西石高3米，长4.2米，阳面阴刻“圣经山”三字，字径50厘米；东石高6米，长15.6米，状如新月，俗称“月牙石”，阳面阴刻《太上老子道德经》上、下两卷，全文约6000字，字径10厘米，隶书变体，近于楷书，古拙苍润（照片）。因年久风化，下卷已难辨识年代姓名。此石刻雕工精湛，为国内罕见的大型道教摩崖石刻，1992年被公布为山东省重点文物保护单位，2006年列为第六批全国重点文物保护单位。马丹阳在紫金峰的时间短暂，刻石工程巨大，当为昆箭山全真教鼎盛时期的产物。
与此同时，玉虚观万寿宫作为全真道嵛山派的祖庭也是胶东道教圣地，屡经修葺，规模不断扩大，道门提点驻节此观。元代家元好问在《怀州清真观记》中称：“天下道院，武观为之冠，滨都次之，圣水又次之。”成为北方道教第三大丛林，涌现出一批高道如尊宿通玄葆和大师（道门提点）方道显、敦朴葆光大师（提举）韩道和、静应通玄大师（提点）宋通荣、万寿宫本宫提点高道林等。
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