全真道内修“真性”（成仙证真之本），外修“真行”，先性后命，以“明心见性”为修炼第一要务这种只修一己性命的做法不为明朝统治者所赞赏；加上全真道因投靠女真、蒙古少数民族政权造成教门繁荣，也与以“驱除胡虏、恢复中华”为口号的大明王朝格格不人，全真道在明朝受到冷遇是必然的。宗教的存在与发展，主要靠统治者的信仰和支持，以及其为人民群众所接受的范围和程度，失去了统治者的崇奉和扶持，昆箭山乃至整个北方地区全真教迅速萧条下来，以东华宫、玉虚观万寿宫、烟霞洞神清观为代表的昆箭山全真道中心道事寥落。但由于宗派繁衍，教团经济基础雄厚，以及广泛的社会基础，全真教在昆箭山还有少量的宗教活动。
明神宗（1573一1620）时，印造道教《大藏经》颁施在京及名山道观供奉。万历三十九年(1611)四月，敕颁藏经“广通之宝”玺诏，并赠烟霞洞神清观《大藏经》，特谴御马监张简来昆箭山，算沾点皇恩，此后再无下文。
明景泰四年（1453)，原籍苏州府嘉定县的文登县信官蒋理发心施财，壮塑东华宫圣像，祈保平安，如意吉祥，此后再无维修者。明中叶以后东华宫毁于火，断壁残垣，再无繁荣的机会。
玉虚观万寿宫仍有较大影响，明代提督学政邵贤曾有诗碑题于万寿宫东西山墙。
清初，由于民族，矛盾激化，出现了和全真道兴起时相同的政治气候，全真道中的龙门派出现复兴景象，但再也无法达到元代那样的鼎盛局面。由于顺治年间（1644一1661）昆箭山六度寺僧常和尚等人助栖霞人于七举行反清起义，作为全真道发祥地的昆箭山寺观遭到严重毁坏，从此一蹶不振。
清后期昆箭山东南部的全真道活动有所恢复。咸丰四年(1854)，玉虚观万寿宫最后一次维修。另外，明中后期全真教箭山派在玉虚观东南今小观镇大芦头村附近创立了太平观，按“本和教忠礼智时阿吾基远近从何起阳子结金辉”20字排行，在清代后期第十三代王从政主事时达到强盛。王从政在北京白云观受戒一年，从北京带回御赐“道为吾友德即我邻”对联和“三茅第及”、“九转丹成”两支金字匾，并于同治六年（1867年）重修太平观。此时太平观与北京白云观、青岛天后宫、崂山上清宫以及昆箭山的神清观、东华宫、玉虚观都有密切往来，堪称昆箭山全真道最后的落日余辉。
全真派在元代中后期，由于纪律松懈和人才匮乏之类的原因，发展落入低谷。到了清朝顺治、康熙年间，七代律师王常月开坛说戒三次，对于全真派进行了大规模整顿。由此，全真派中兴。王常月当年留下的讲稿被整理为《龙门心法》。我认为，无论是否从宗教角度入手，他的很多观点和说明问题的方式都是很有价值的。
就目前来看，全真派在管理方面的规矩要比正一派多出许多。事实证明，管理上纪律是第一位的……
详细资料，可以参看以下内容：
“全真道兴盛於金元时代，是宋元新道派中最大也是最重要的一派。元以降，与正一道作为两大道派延续至今。
全真道创教人王喆(公元1113-1169)，号重阳子，陕西咸阳人，出身富家，仕途无进，於是入道。他自称於正隆四年(公元1159)在甘河镇遇异人授以真诀，自此弃家入终南山南时村居於穴中修炼，号其穴为活死人墓，自号王害风，佯狂装疯。大定七年(公元1167)，放火烧掉所住茅庵，云游至山东半岛，正式亮出全真旗号，收了马钰、谭处端、刘处玄、邱处机、王处一、郝大通、孙不二七大弟子。这七大弟子成为全真道兴旺发展的骨干，各自形成门派，后称北七真。王重阳在山东半岛创教、传教的时间只有三年，大定九年(公元1169)秋，他留王处一、郝大通在昆嵛山修炼，自己携邱刘谭马四大弟子返关中，抵开封而逝。弟子搜集遗留诗词千馀首，编为《全真集》刊行。王重阳之后，大弟子马钰继任掌教，其馀六真在山东、河北、陕西、河南等地传教，在民间逐渐扩大了影响。马钰掌教期间，教旨以无为为主，离尘去俗，识心见性，以道士的朴素苦行吸引社会人士信向，尚未与统治者结上关系，也未营造宫观。这是全真道发展的第一阶段。从公元1187至1219年，为全真道发展的第二阶段。这是全真道进一步发展而渐渐壮大的时期，刘处玄、邱处机先后掌教，以山东半岛为活动中心。此时的全真道，特别注意争取金朝统治者的承认和重视，并开始营造宫观，建立宗教活动基地。随著全真道在民间势力的增大，金廷也日益重视它。泰和元年(公元1201)、三年(公元1203)王处一两次被徵召，皇帝的一再徵召，反过来又提高了全真道地位，促进了它在民间的流传。从公元1219年起，全真道的发展进入第三阶段，到达鼎盛，促这一局面的关键人物是邱处机。邱应成吉思汗之召，以七十多岁高龄率徒赴西域雪山(今阿富汗境内)，劝其戒杀，取得成吉思汗尊敬，称他为邱神仙，令他掌管天下的出家人，并敕免全真道士差役赋税。邱处机於公元1224年东归，回到燕京(今北京)，住於太极观(后改名长春，宫)，该观从此成为全真道首脑机关所在地。邱处机提出立观度人，此后全真弟子大建宫观、广收门徒的活动大为展开，全真道观逐渐遍布北方。公元1227年，邱处机卒，葬於长春，宫处顺堂，即今天的北京白云观。从邱处机掌教后，全真道有了很大发展。
元代全真道的发展进入鼎盛期。全真道大建宫观，广收门徒出现许多知名道士，一派道门兴旺景象。邱处机去世后，继起掌教者尹志平、李志常进一步拓展全真事业，争取统治者支持，使全真道获得进一步发展，步入顶峰。全真道不仅在北方成为道教重心，还渡江南传，江浙鄂闽等地都有了全真道的活动踪迹。元初江南全真道最大的活动点在湖北武当山，徒众甚多。全真道南传之前，江南已有金丹派南宗炼内丹，自称丹法出於锺、吕、刘，与北方全真道同源异流。南宗教团不大，未受元室重视，於是南宗徒裔在元代纷纷合流於全真门下，其著名者有李道纯、陈致虚等。至此，全真道传遍大江南北，盛极一时，与正一道势力不相上下。全真道政治地位因元室册封全真祖师而有了很大提高。至元六年（公元1269），忽必烈诏封全真道所尊东华帝君、锺离权、吕洞宾、刘海蟾、王喆五祖为真君，后人称为北五祖；又封王喆七大弟子为真人，世称七真。至大三年(公元1310)，元武宗又加封全真五祖为帝君，七真为真君，邱处机弟子尹志平等十八人为真人。不少全真道高道知集贤院道教事。大略从元中期至元末，可算全真道发展的第四个阶段，呈外盛内衰之象，教风有变，趋於蜕化，教内高道缺乏，落入发展平平的局面。与此相比，正一道成为元代中后期较兴盛的道派。
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