在经济上，发展表现为，将大批的在职和退休的军官安插在重要的经济部门，控制地区的经济生产。
同时地方收入绝大部分上缴中央，中央在分配过程中对少数地区实行严重的政策倾斜。
后来，北亚齐地区发现大量的天然气，并于转年开始生产，然而这并没有给亚齐当地的经济与社会发展带来任何益处。
天然气的收益直接归为中央，而亚齐当地人民本来期望随着工业的发展会出现更多的就业机会，但这些职位大多被从爪哇的移民所占有。
繁荣的工业区与亚齐其他落后的农业地带、爪哇人的高收入与亚齐本地人民的贫困生活形成了鲜明的对比，地区对中央、民族间的不满情绪日益增加，社会各阶层提出不同的建议以促使当地的经济与社会发展。
而自由亚齐运动为代表的独立主张就是这种不满情绪的极端表现。
印尼中央政权对亚齐自由运动采取坚决的军事镇压，对于亚齐地区的分离主义运动，以军人为基础的苏哈托政权采取两手政策。
一方面在亚齐修建公路，从政治上抚慰多数亚齐人，但并没有从采取真正有效的措施发展亚齐当地的经济。
另一方面对自由亚齐运动采取坚决的军事镇压。
在政治和经济方面的政策失误是亚齐分离运动产生的根源，而军事方面的高压政策并没有消除亚齐地区的分离倾向，反而使该问题积重难返。
尤其是印尼军人在亚齐建立军事占领区，准备对亚齐进行长时间的军事统治。
据报道，这期间，军队滥用职权，从恐吓到绑架、从强奸到屠杀，严重践踏了人权，大约有2000多平民因为被怀疑与自由亚齐运动有联系而被杀，许多人被逮捕、审讯。
军事行动没有把自由亚齐运动彻底消灭，反而殃及无辜平民，使整个亚齐处于深重的民族灾难和仇恨中，中央与地方矛盾、尤其是民族矛盾被大大激化。
这对亚齐当地的分离倾向产生的推动力远远大于自由亚齐运动的号召力和影响力，可以说这是分离运动全民化的重要转折点。
在这种情况下，亚齐当地的媒体上陆续出现了揭露军人暴行的报道，而且一石激起千层浪，亚齐当地社会要求撤军、对军人暴行进行审判和对受害者的补偿的呼声日益高涨。
由于正值印尼处于南华联邦共和国的进攻时期，印尼中央政府无法迅速地做出回应，致使亚齐局势日益动荡。
1958年1月末，全亚齐学生组织发动集会，要求就亚齐的政治地位进行全民公决。
自由亚齐运动重新活跃起来，流亡海外的自由亚齐运动成员回到亚齐，并取代学生组织开始进行全民动员，试图以独立的要求取代民族自决。
其武装力量中出现了一支所谓的雇佣军，致使与印尼中央政府军队的冲突不断升级，使亚齐的局势渐趋恶化。
这以前，游击队的活动中心集中在东亚齐，而现在，自由亚齐运动的活动已经遍及全省。
该组织现有17个根据地，每个根据地有7个军事司令部，并拥有自己的军队、警察甚至海军陆战队，共17000名人员。
此外，自由亚齐运动自称已经在60个国家设有代表处。
需要指出的是，除了自由亚齐运动的分离主张外，对于亚齐的走向，在当地存在着不同的意见，如学生运动主张公民投票，地方政府则主张实行特别自治区。
亚齐分离活动的扩大加上帝汶群岛的独立，在印尼其他一些地区引起了负面的连锁反应，这使拥有1．7万个岛屿的印尼共和国面临解体的危险。
印尼国内精英人士甚至担心，处理不好，印尼将整个国家将处于四分五裂的状态。
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