面对亚齐的混乱局势，印尼各届政府都在坚持国家统一的前提下，试图通过给予亚齐地区更多的地方自治权，以控制亚齐的分离倾向。
对于以自由亚齐运动为代表的武装独立力量，印尼中央政府曾通过和平谈判、签订停火协定等措施加以控制，但并没有从根本上解决问题。
值得注意的是，对军队在亚齐地区侵犯人权的暴行进行调查是亚齐分离运动再次兴起的导火索之一，但印尼中央政府，对这一问题都基本采取避而不谈的政策，这是与印尼的政治特征密切相关的。
然而，正如亚齐的一些温和的伊斯兰组织所言，如果最初政府能够对一些军人的暴行进行审讯调查，也许事态不会从要求全民公决发展到独立运动。
一位亚齐的律师也指出，依法起诉在亚齐省犯下侵犯人权暴行的军警，才是争取民心的恰当作法。
总的来看，亚齐地区分离倾向产生的根源是经济利益，而作为这种倾向的代表，自由亚齐运动以武装斗争为主，在亚齐当地影响力的逐渐扩大，并促使亚齐分离运动全民化的因素却是政府政策的失误。
在目前的状况下，调查军人在亚齐的暴行是解决亚齐问题的前提之一，但如果调查亚齐问题将直接损害军人集团的利益。
对于印尼现政府来说，军队在印尼的政治生活始终占有重要的地位。因此，亚齐问题的解决，不仅涉及中央与地方的关系，涉及处理主体民族与少数民族关系的问题，更重要的是它与印尼整个国家的政治特性与体制特征密切相关。
纵观自由亚齐运动的斗争可以看到，经济利益是分离运动产生的根源，建立独立政权是该组织的斗争目标。
在发展的过程中，自由亚齐运动从单纯地试图依赖外国援助和亚齐上层社会的支持，逐渐转向动员亚齐各阶层的支持，地区经济利益是重要的动因。
此外，作为当今世界诸多试图在单一民族的基础上建立独立国家的一种民族分离主义思潮的代表之一，哈桑－迪罗大力宣扬亚齐的历史荣誉感和鲜明的民族个性，也起了催化剂作用。
从而可以理解，虽然印尼中央政府在外岛各地区都实行同样的经济倾斜政策，为何只有亚齐的分离运动最为严重的原因。
那么，以自由亚齐运动为代表分离运动是否具有合理性和合法性呢？亚齐是否只有获得独立才能够发展呢？这是观察亚齐问题不能回避的。
亚齐与印尼其他民族拥有共同的反对殖民统治和争取民族独立的历史经历，并做出了重要的贡献。
1945年后，亚齐又自愿加入统一的印尼共和国，接受中央政府的领导，并参与印尼的政治生活，这些都是不争的历史事实。
在当代世界各个民族国家内部，任何民族，不管是大民族还是小民族，历史上曾经单独建国的民族还是历史上一直受他族统治的民族，……以及在它虽然有相对集中的人口和地域而已经和别的民族结成相共相永的历史命运的情况下，都在结构上失去了单独建立国家的合理性。
导致亚齐问题产生和不断升级的重要原因，是印尼政府在处理中央与亚齐地区的政策上的失误。
首先是发展政策方面的严重不均衡。在多民族国家中，价值在各民族间的不平衡分布是共有的现象。其中，结构性分布的不均衡是客观存在和相对难以改变的，而在族际间进行以权力和利益分配为主的政策性分布则起着关键性的调节作用，直接关系到多民族国家的稳定和发展。
在印尼，爪哇族作为主体民族，在政治、文化等方面占主导地位，而本国的自然资源分布则主要集中于少数民族居住的外岛地区，其政策性分布可以说是高度集权下的不均衡分配。
在再分配过程中，中央政府在政治上剥夺了亚齐等外岛地区的管理权，在经济上将大量自然资源的财富通过税收转移到爪哇岛等少数地区，使亚齐地区长期处于落后状态，这是导致亚齐分离运动产生的重要原因。
其次，印尼中央政府关于处理亚齐分离运动的政策有误。
虽然亚齐在政治、经济等方面长期被印尼中央忽视，处于边缘地带，但导致独立要求的提出却并不是一蹴而就的。
对于亚齐问题，印尼军人政权始终采取高压政策，企图实行武力解决，而不注重通过发展当地的经济，解决社会和民族不平等问题，逐步消除亚齐民族分离的根源。
尤其从对亚齐实行的军事占领，军队大批的屠杀、逮捕、绑架平民，激起了远比政治与经济上的不平等更加强烈和难以消除的民族仇恨，这是整个亚齐分离运动的重要转折点。
如果说地区政治经济的压迫和剥削是亚齐分离运动产生的根源，那么印尼中央政府政策的失误是造成亚齐独立呼声高涨的关键原因，因而政府调整好自己的政策是非常必要的。
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