藏传佛教起源于一万八千多年前的古象雄王朝，幸饶弥沃如来佛祖创立了雍仲本教，这是藏传佛教一切派系的本源，也被称为苯教。苯教曾经一度成为整个吐鲁番唯一的信仰和教派，奈何后来在宗派和政治之争中不幸败落，沦为了牺牲品，被批为了邪教。大量教徒被残杀，最后无奈只得改宗，不愿意改宗的僧人全都流亡天涯，逃到了阿里、安多和康远等偏远地区，继续传播信仰着他们的宗教。法难过后，苯教彻底从西藏地区被清除了出去，但总归是西藏的本土宗教，不论从哪个方面都对当地民族形成了深入骨髓的影响。后来，留存下的藏传佛教渐渐分离出了五大派系。分别是噶当派、宁玛派、噶举派、萨迦派和格鲁派。
宁玛派分属旧派，被称作红教，皆因该派僧人头戴红色僧帽而得名，遵循着前弘期所传之密宗。除了心意传承、表征传承、口耳传承外，还有“库藏”传承。莲师已成就的弟子，发愿转世为取库藏大师，适时取出预藏的教法，以利乐众生。如今宁玛派的宗教势力仅居于格鲁派之后，信徒众多。
噶举派属于新译密咒派，由玛尔巴译师和穹布朗觉巴开创。注重密法的修习，而修习密法又必须通过师徒口耳相传的途径。因为噶举派僧人的僧裙中加有白色条纹，又俗称为“白教”。噶举派奉月称派中观见，重视“大印”传承，不重文字，重在论理，即通达“大印”的智慧。如今宗教势力排在第三。
萨迦派的教主由款氏家族世代相传，有血统、法流两支传承。该派僧人戴红色、莲花状僧冠，穿着红色袈裟。因在寺院围墙涂有象征文殊、观音和金刚手菩萨的红、白、黑三色花纹，故又称花教。派系僧人不禁娶妻，不过有规定在生子之后，就不能再接近女人。该派特别推重“道果”教授，在教义中最重要的是“道果法”。如今萨迦派的宗教势力和信徒，主要分布在西藏自治区内。
噶当派以显宗的修习为主，但也不排斥密宗，它对修习次第的主张是先学显宗，后学密宗，强调密宗只能传授给经过考验的少数人。所传的密法，以属于四部怛特罗中的第三部即瑜伽部的《真实摄经》为主。噶当派起源及早又规范系统，对别的教派影响深远，但可惜的是，因为内部分裂，噶当派如今已经隐失在了历史之中，残留的传人彻底隐世不出。
格鲁派在众多教派中最晚出现，却是目前影响最大的一派。该派强调严守戒律，因派中僧人头戴黄色僧帽，故又被称为黄教。格鲁派由宗喀巴大师所创，而这位大师，本是噶当派的僧人，所以该派又被称为‘新噶当派’。噶当派因为种种原因消失之后，格鲁派占据了原属于噶当派的寺院，凭借自身种种优势，渐渐发展壮大。该派奉行转世制度，有完善的四大活佛转世体系。章嘉呼图克图和哲布尊丹巴呼图克图分别影响着内蒙古和外蒙古，虽然有着千丝万缕关系，但在西藏这块土地上，影响最大的还是达.赖喇嘛和班.禅额尔德尼。
藏传佛教信徒一般认为，达.赖是“欣然僧佛”即观世音菩萨的化身；班.禅是“月巴墨佛”即无量光佛的化身。达.赖与班.禅的转世系统完全不同，但二者在宗派内，是并称的关系，并无高下之分。
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